Den Blå Oase har en aktiv bestyrelse, som følger livet på værestedet tæt . Bestyrelsen mødes mindst fire gange om året og har ansvaret for drift, økonomi og tilsyn af Den Blå Oase.
Bestyrelsen på Den Blå Oase har fem medlemmer. De tre er udpeget af Blå Kors Danmark (BKD), et medlem er valgt af Den Blå Oases støttekreds, og et medlem er udpeget af Aabenraa Kommune. Medlemmerne fra BKD vælges for to år, det kommunale medlem sidder i en valgperiode, og støtteforeningens medlem sidder i to år ad gangen. Formanden bliver konstitueret for et år ad gangen.
De mål og rammer, som bestyrelsen har fastsat for Den Blå Oase, er beskrevet i:
Rammeaftale med Blå Kors Danmark
Samarbejdsaftale med Aabenraa Kommune 2007-20011